Con 217 hectáreas naturales, el Jardín Botánico está ubicado a 12 km al este de la ciudad de Santa Cruz de la Sierra (zona de Guapilo). Una gran parte de su territorio está destinada a la preservación del único bosque subhúmedo de llanura y bosque chaqueño que posee el municipio de Santa Cruz de la Sierra. Mientras que once hectáreas están destinadas a la implementación de infraestructura para la producción de diferentes plantas forestales y ornamentales. Posee más de 500 especies de flora, doce especies de mamíferos y más de 200 especies de aves.
El Jardín Botánico ejecuta programas permanentes de investigación y educación para la promoción de una cultura ambiental en distintos niveles de la población, orientados a la preservación, restauración, uso sostenible de las plantas y del medioambiente en general y conservación de la flora nativa. También apoya a la gestión de la arborización urbana, mediante el asesoramiento de políticas.